Stoczek Klasztorny to wieś położona na Warmii w okolicach Lidzbarku Warmińskiego, założona w 1349 roku przez biskupa warmińskiego Hermana z Pragi.

A to krótka historia powstania Sanktuarium…

Tradycja głosi, ze pewien misjonarz zawiesił na drzewie figurkę Matki Bożej Bolesnej; po licznych wojnach i epidemiach figurka została przypadkowo odnaleziona ok. połowy XVI wieku, dla której zbudowano kaplicę. W czasie reformacji kaplicę sprofanowano a figurkę zniszczono.

W obecnej formie Sanktuarium zbudował w latach 1639-1641 bp. Mikołaj Szyszkowski, w postaci barokowej okrągłej świątyni na wzór rzymskich bazylik, jako dar dla Królowej Pokoju,  po zawarciu rozejmu ze Szwedami w 1635 roku, w dowód wdzięczności. W roku 1640 biskup sprowadził do świątyni z Rzymu kopię obrazu Matki Bożej „Salus Populi Romani”, który aktualnie znajduje się w ołtarzu głównym Sanktuarium, wykonanym w 1713 roku. Obraz jest okryty srebrną sukienką z 1687 r. a jako wotum kardynała Stefana Wyszyńskiego, na obrazie wiszą bursztynowe korale.

W 1700 roku świątynia została konsekrowana. W latach 1708-1711 kościół rozbudowano i otoczono krużgankami z narożnymi kaplicami.

Na uwagę w kościele zasługują również ołtarze boczne, wykuta z żelaza ambona z 1738 roku, chór z organami z 1695 roku.

W 1983 roku obraz Matki Pokoju został koronowany przez papieża Jana Pawła II a w 1987 roku papież nadał kościołowi tytuł Bazyliki Mniejszej.

Opiekę nad Sanktuarium pierwotnie powierzono OO. Franciszkanom, dla których zbudowano klasztor w 1666 roku. Od 1957 roku opiekunami Bazyliki są Księża Marianie.

W Stoczku Klasztornym, w okresie 12.X.1953-6.X.1954, więziony był kardynał Stefan Wyszyński. Okres ten opisał Kardynał w swoich „Zapiskach więziennych”. 8 grudnia 1953 r. nastąpiło ważne wydarzenie dla maryjnej pobożności Ks. Prymasa – w tym dniu oddał się Matce Najświętszej w macierzyńską niewolę. Tutaj też przygotował akt zawierzenia Matce Bożej całej Ojczyzny. W miejscu uwięzienia Ks. Prymasa urządzona jest „Izba Pamięci”, w której zgromadzono liczne pamiątki, związane z tutejszym pobytem. Więzienie Prymasa jest czytelnym znakiem trudnej drogi Kościoła w Polsce po II wojnie światowej.